Año 2065. La Tierra está invadida de espíritus alienígenas y la humanidad se enfrenta a la extinción total. Empujada por un extraño sueño y con la ayuda del doctor Sid, la científica Aki Ross intenta capturar los ocho espíritus con la esperanza de crear una fuerza lo suficientemente potente como para destruir a los alienígenas, pero tan pura como para proteger al planeta. Con la ayuda del escuadrón de Deep Eyes, Aki debe salvar la Tierra, desatando así la "Fantasía Final".
